伊斯蘭世界內的矛盾與衝突
在研討會的下半部，多位講者都取材於視角廣闊的社會學、政治學、人類學、神學及歷史學觀點，集中討論在伊斯蘭世界中出現的矛盾和衝突。
根據城大應用社會科學系副教授黃麗嫣博士說，這些矛盾與衝突的根源可追溯到19世紀至20世紀的反殖民地運動。在黃博士的講題「神聖與俗世的國度：東亞與東南亞伊斯蘭教秩序下的性別問題及日常生活」裡，她特別提出1874年Pangkor條約的重要性。英國藉著這條約迫使當時馬來西亞半島霹靂州的蘇丹皇權放棄手上一切政治和經濟的權力，只保留宗教及海關事務的自主權。這份條約揭開了歐洲列強在東南亞地區大力拓張殖民地的序幕。
當時的殖民地列強—特別是英國—都採用了在歐洲國家中相當流行的一個管治模式，其中一項特點就是給予俗世政府（secular）管治國家的權力。黃博士說：「結果是，被褫奪權力的人蘊釀反殖民地情緒，繼而演變成更政治化的伊斯蘭主義。這個運動有不同名稱：政治伊斯蘭主義、伊斯蘭復興運動、伊斯蘭原教旨主義及激進伊斯蘭主義等。」
黃博士說，伊斯蘭運動內部有三種不同的政治反：一是不想參加伊斯蘭教義爭議的俗世教徒；二是希望將伊斯蘭教現代化的穆斯林改革派，他們對教義採取嚴肅但帶批判性態度；三是希望重返以《古蘭經》為法律根基和以伊斯蘭為理想的穆斯林復興派。據說，埃及伊斯蘭原教旨學者Sayyid Qutb（1906-1966年）等人，對屬於第三類人士如拉登等有莫大的啟發，他們多認為西方的殖民地政策迫使穆斯林社會走上非伊斯蘭化的道路，他們要求廢除俗世政府，在地上建立「真主的王國。」這類只佔全球穆斯林少數的人士，組織嚴密，並常以高調和高姿態反對西方，追求建立伊斯蘭理想國。
世俗和神權政治
Othman博士表示，目前馬來西亞並不是「完全的伊斯蘭國家，也不是完全的世俗國家。」過往人們稱它為「混合型」國家，一方面它容許法律的多元性，另方面又實施在伊斯蘭主義主導下的平衡共存法律制度，即普通法和伊斯蘭法律。
後來，有批評者認為馬哈迪博士的聲明是違憲的。在世俗的國度裡沒有指定的宗教，但馬來西亞大多數人口肯定是穆斯林。縱使馬來亞於80年代初開始已走向伊斯蘭化，但馬來西亞的憲法並沒有因此修定為伊斯蘭國家，或宣佈將伊斯蘭的律法—即按《古蘭經》的規定把穆斯林宗教立法—置於憲法之上。首相的言論，令馬來西亞的非穆斯林人口憂心戚戚，也引起法律和憲法上的矛盾，因為他的言論違反了馬來西亞國家雙重憲制的特點。
據Othman博士說，馬來西亞要在世俗與神權政體之間採取平衡的中間路線，困難重重，容易受到不同的民族和文化身份的政治干擾。她總結說，該國需要透過民主化的進程保證宗教自由，作為繼續堅持「中間路線」的保障措施。
包容與文化協商
但Dorairajoo博士說，操馬來語的穆斯林已採取措施，讓伊斯蘭教能在泰國繼續生存，並且證明伊斯蘭教本身並不僵化，是一套能在多元化環境中生存、和能夠在非穆斯林文化環境中頑強地適應下去的信仰。
操馬來亞話的穆斯林已在食物、上學和民族身份方面作出若干讓步，例如他們自稱是擁有馬來背境的泰國人，以避免引起民族衝突。另外，Dorairajoo博士說：「他們更以泰籍華人為榜樣，華人一方面改用泰國姓名，順應社會大環境而進行自身文化的調適，但另方面又盡量保持自己的民族身份。」
菲律賓摩洛民族研究中心執行總監Lingga教授在討論有關菲律賓南部棉蘭老島和蘇祿群島的伊斯蘭教少數民族時則提出警告，政府應盡快解決與伊斯蘭教少數民族之間的惡劣關係。
現時，菲律賓的穆斯林無法享有應得的自由。基於經濟和地緣政治的原因，菲律賓政府要維護在棉蘭老島和蘇祿群島的商業和安全利益，不會容許任何穆斯林自治方案，結果是政府要對例如是摩洛民族解放陣線等分裂運動進行武力鎮壓，迫令他們向全球的穆斯林社會求助。Lingga教授說：「穆斯林應有釐定政治地位的權利，這才是民主的真締。」
接著，夏威夷大學(University of Hawaiiat Manoa)中國研究中心的Dru C Gladney教授及香港科技大學的博士研究生葉偉豪，則探討穆斯林在非穆斯林國家的體驗，他們的研究對象是中國和香港。
Gladney教授指出，他相信中國的穆斯林在民族生存及保留伊斯蘭特色兩方面是東亞地區內最受威脅的少數民族，這反映了穆斯林群體在融合伊斯蘭文化與身居國文化時所遇到的困難。他指出，穆斯林在中國默默地生活了幾百年，但中國政府為了石油利益，壓制新疆穆斯林民族的自治要求，造成民族矛盾。
而葉先生則是論述香港的穆斯林問題，他說穆斯林在香港1997年回歸中國後所得到的待遇已起了變化，居港的穆斯林已被推到社會邊沿。他說香港社會漠視穆斯林對醫療、教育和祈禱場所的訴求，而整個社會對穆斯林亦沒有如1997年前那麼寬鬆包容。他說：「如果沒有一個多元文化的視野，香港很難自稱是國際城市。」
語言難題
而有關語言問題則由新加坡國立大學社會系副教授Syed Farid Alatas博士提出，他說伊斯蘭裡並沒有「蘇菲主義」一詞，這也正好解釋了對這門伊斯蘭學說的誤解。他舉例說，蘇菲派祈禱有別於其他伊斯蘭祈禱的說法其實並不成立。他強調，不少學者沿襲西方的概念及工具去分析伊斯蘭，但這些工具和概念往往比伊斯蘭學者所採用的獨特分析方法有較大的偏差，而研究範圍也較狹窄。
跨越鴻溝
在總結伊斯蘭運動的的公開發言裡，多名講者都集中討論西方和伊斯蘭之間的衝突。城大公共及社會行政學系副教授Daniel Bell博士建議西方社會應該自我反省，例如檢討本身的高離婚和犯罪率，以及美國對中東的政策等，看看有甚麼可以向伊斯蘭學習。Bell博士又指出，東南亞地區和中國的伊斯蘭比中東的呈現更多元化及多樣化的特徵。他建議西方社會可從這樣多元化的文化中學習待人原則、家庭觀念及多個民族和平共存之道。黃麗嫣博士進一步探討宗教內的多元性問題，她指出應區分宗教的伊斯蘭及帶政治性的「伊斯蘭主義」，「我們不應只把伊斯蘭看成研究對象，而是一套分析工具。」
研討會以Alatas博士的評語為總結。他說需要停止向伊斯蘭要求改變，而解決意見分歧之道是在於令伊斯蘭減少排他性。「過往幾百年來伊斯蘭並沒有大改變，我們仍然採用世代相傳的同一篇禱文、同一種語言祈禱。」
他建議縱使西方和伊斯蘭之間有分歧，也要互相接受，求同存異，互相尊重。「我們不能在神學觀點上取得一致，但仍然能夠在面對問題時採取互相寬容和忍讓的態度。」