香港城市大学深圳研究院于2001年成立，是城大于内地实施科研战略拓展的重要载体。研究院作为大学全球科研网络的关键一环，既是城大研发工作在国内的延伸，也是促进大学技术创新成果向内地转化的桥梁。研究院的核心使命聚焦于人才培养、合作促进、应用研究深化以及学术成果的商业化转化，旨在助力区域科技创新体系的建设与产业升级发展。
城大与深圳市福田区人民政府合作共建位于河套合作区注册成立的事业单位法人机构香港城市大学深圳福田研究院，已于2024年5月更名为香港城市大学物质科学研究院(福田)，采用“一院两区”的运营管理模式，共享深港两地创新资源，打破深港科技合作的有形和无形壁垒，进一步促进人员、资金、技术和信息等要素高效便捷流动。
城大与成都市双流区人民政府签署合作协议，共建香港城市大学成都研究院，其是城大在内地设立的第二个策略性发展平台，是城大与西部地区政府、高校、科研、产业的交流与合作载体，川港科技创新合作的一个重要平台。
城大与青岛西海岸新区于2024年8月签订共建香港城市大学青岛研究院协议，积极推动和落实香港和青岛两地的高校合作，并藉城大世界知名的学术研究成果及国际化声誉，透过合作互补优势，培育两地创科人才，发挥协同效应。
