国家科学技术部于2008年批准在城大成立太赫兹及毫米波国家重点实验室，是香港第一所同类工程领域的实验室，主要研究发展毫米波及太赫兹技术及其应用。
国家科学技术部2009年批准成立香港城市大学海洋污染国家重点实验室，由香港城市大学牵头，彙集香港七间大学、超过40位优秀科研人员，致力研发跨学科的创新方案，以解决对环境和公共健康构成重大威胁的海洋污染问题。
国家贵金属材料工程技术研究中心香港分中心于2015年获国家科学技术部批准成立，主要目标是进行对贵金属、纳米材料以及相关器材的研究，以加强国家贵金属材料工程技术研究中心的整体能力。
中国科学技术大学与香港城市大学2004年6月签署协议，决定成立中国科学技术大学－香港城市大学联合高等研究中心（苏州），重点进行两校高新技术的合作研发和联合培养研究生。联合高等研究中心开展超过七个项目的合作，即应用数学、控制与机电一体化、互联网服务、商学与管理、环境科学、火灾安全与纳米力学、理论材料物理等，将概念性想法付诸实践，提供培养博士研究生的平台。中心已成为中科大苏州研究院发展计划中的一个重要部分。
中科院与香港地区联合实验室由城大及中国科学院成立，当中包括纳米材料与力学联合实验室、机器人学联合实验室及中子散射科学技术联合实验室。
Joint Laboratory of Nanomaterials and Nanomechanics
Joint Laboratory for Robotic Research
Joint Laboratory on Neutron Scattering
