参与成员: 张彤 教授

抗生素抗药性是全球公共卫生面临的危机。在环境领域中，对抗生素抗性基因(ARGs)的监测研究也越来越多。张彤教授团队为推动环境ARG监测的标准化建立了一系列方法和策略。该团队采用宏基因组测序技术和细胞加标法开发了ARG的绝对定量方法，并透过此方法评估了多种厌氧消化系统对ARG的去除效率。此外，他们还结合了单叠氮化丙锭(PMA)和细胞加标法，开发了一套不依赖培养的工作流程，用于对环境样品中的活细胞进行绝对定量。

张彤教授团队量化了宏基因组工作流程中技术变量对微生物谱结果的影响，并利用活性污泥均质化样品开发了环境标准样品，以提高研究结果的准确性和可重复性。他们与来自19个国家30多个机构的合作伙伴综合考虑了ARG的常用定量单位，并建议在今后的研究和监测中采用"每个原核细胞的ARG拷贝数"报告ARG的丰度。

为了了解ARG在环境中的源和传播，研究人员收集了全球13种不同生境的抗性组图谱，基于其抗性组的特征，构建了一个源追踪模型，用于区分目标中抗性组的来源。

参考:

Yang, Y., Deng, Y., Shi, X., Liu, L., Yin, X., Zhao, W., Li, S., Yang, C., Zhang, T., (2023). QMRA of beach water by Nanopore sequencing-based viability-metagenomics absolute quantification. Water Research, 235, 119858. (impact factor: 12.8)

Yang, Y., Deng, Y., Liu, L., Yin, X., Xu, X., Wang, D., Zhang, T., (2023). Establishing reference material for the quest towards standardization in environmental microbial metagenomic studies. Water Research, 245, 120641. (impact factor: 12.8)

Yin, X., Chen, X., Jiang, X.T., Yang, Y., Li, B., Shum, M.H., Lam, T.T., Leung, G.M., Rose, J., Sanchez-Cid, C., Vogel, T.M., Walsh, F., Berendonk, T.U., Midega, J., Uchea, C., Frigon, D., Wright, G.D., Bezuidenhout, C., Picão, R.C., Ahammad, S.Z., Nielsen, P.H., Hugenholtz, P., Ashbolt, N.J., Corno, G., Fatta-Kassinos, D., Bürgmann, H., Schmitt, H., Cha, C.J., Pruden, A., Smalla, K., Cytryn, E., Zhang, Y., Yang, M., Zhu, Y.G., Dechesne, A., Smets, B.F., Graham, D.W., Gillings, M.R., Gaze, W.H., Manaia, C.M., van Loosdrecht, M.C.M., Alvarez, P.J.J., Blaser, M.J., Tiedje, J.M., Topp, E., Zhang, T., (2023). Toward a universal unit for quantification of antibiotic resistance genes in environmental samples. Environmental Science & Technology, 57(26), 9713-9721. (impact factor: 11.4)

Yin, X., Li, L., Chen, X., Liu, Y.Y., Lam, T.T., Topp, E., Zhang, T., (2023). Global environmental resistome: Distinction and connectivity across diverse habitats benchmarked by metagenomic analyses. Water research, 235, 119875. (impact factor: 12.8)