國家科學技術部於2008年批準在城大成立太赫茲及毫米波國家重點實驗室，是香港第一所同類工程領域的實驗室，主要研究發展毫米波及太赫茲科技及其應用。
國家科學技術部2009年批準成立香港城市大學海洋污染國家重點實驗室，由香港城市大學牽頭，彙集香港七間大學、超過40位優秀科研人員，致力研發跨學科的創新方案，以解决對環境和公共健康構成重大威脅的海洋污染問題。
國家貴金屬資料工程技術研究中心香港分中心於2015年獲國家科學技術部批準成立，主要目標是進行對貴金屬、納米材料以及相關器材的研究，以加强國家貴金屬資料工程技術研究中心的整體能力。
中國科學技術大學與香港城市大學2004年6月簽署協議，決定成立中國科學技術大學－香港城市大學聯合高等研究中心（蘇州），重點進行兩校高新技術的合作研發和聯合培養研究生。聯合高等研究中心開展超過七個項目的合作，即應用數學、控制與機電一體化、互聯網服務、商學與管理、環境科學、火災安全與納米力學、理論材料物理等，將概念性想法付諸實踐，提供培養博士研究生的平台。中心已成為中科大蘇州研究院發展計劃中的一個重要部分。
中科院與香港地區聯合實驗室由城大及中國科學院成立，當中包括納米材料與力學聯合實驗室、機器人學聯合實驗室及中子散射科學技術聯合實驗室。
Joint Laboratory of Nanomaterials and Nanomechanics
Joint Laboratory for Robotic Research
Joint Laboratory on Neutron Scattering
